Ο Ιωάννης Κυριακαντωνάκης διετέλεσε μεταδιδακτορικός υπότροφος (Fellow) των Ερευνητικών Κέντρων I-Tatti και Dumbarton Oaks του Πανεπιστημίου Harvard. Mεταδιδακτορικός ερευνητής στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αθηνών με χρηματοδότηση του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών. Mεταδιδακτορικός υπότροφος του Ελληνικού Ινστιτούτου Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών Βενετίας και ερευνητής στο Κέντρο Μικρασιατικών Σπουδών στην Αθήνα. Έχει διδάξει στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο και στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Η έρευνα του εστιάζεται στην νεότερη και πρώιμη νεότερη διανοητική ιστορία, από την πλευρά της ελληνόφωνης λογιοσύνης της Κωνσταντινούπολης, και στις θρησκευτικές σχέσεις μεταξύ της Ορθοδοξίας και των δυτικών εκκλησιών.
